Nội dung phim Tiến Sĩ Đá:

Ngày nọ, Taiju, một chàng học sinh cao trung, quyết định lấy hết dũng khí 5 năm trời để tỏ tình với người thương của mình. Dè đâu chưa kịp dứt câu, một hiện tượng thần bí đã hóa tất cả con người trên thế giới thành đá, kể cả cậu. Với ý chí sắt đá, Taiju đã chờ nhiền nghìn năm để tỉnh giấc. Cậu phát hiện ra thế giới đã sụp đổ nhưng cậu lại gặp được bạn thân Senku. Hai người quyết định khôi phục lại nên văn minh nhân loại bằng KHOA HỌC

Câu chuyện của Dr. Stone được mở đầu bằng cảnh cậu học sinh Taiju nói với người bạn yêu khoa học Senku của mình rằng cậu sắp tỏ tình với người mà cậu đã thầm yêu trong 5 năm tên Yuzuriha. Gặp nhau dưới gốc cây long não trên sân trường, một ánh sáng màu xanh rực rỡ xuất hiện trên bầu trời ngay khi Taiju chuẩn bị tỏ tình. Mặc dù Yuzuriha đã được Taiju đẩy về phía cái cây để bảo vệ cô nhưng thứ ánh sáng đó lại xuyên qua tất cả mọi thứ và làm hóa đã toàn thể con người trên trái đất.

Trong khi tất cả các dấu vết của nền văn minh bắt đầu suy tàn thì hầu hết con người bắt đầu mất dần ý thức, riêng mỗi Taiju vẫn không mất ý thức trong khi thời gian trôi qua nhờ vào động lực muốn giải thoát Yuzuriha và cả mình. Và rồi thông điệp được khắc trên cây đã được Taiju tìm thấy sau khi thoát khỏi tình trạng hóa đã, thứ này giúp cậu phát hiện ra rằng Senku cũng đã thoát khỏi tình trạng hóa đá. Bằng cách đếm xem mình đã bị hóa đá trong bao lâu mà Senku đã giữ cho ý thức của mình được tồn tại. Do vậy, Taiju biết rằng ngày này là ngày 5/10/5738. Senku và Taiju cùng nhau xây dựng lại nền văn minh bằng các kiến thức khoa học của Senku.